La máxima autoridad de la institución es la Asamblea de integrantes, que se reúne ordinariamente una vez al año y, de forma extraordinaria, las veces que se estime necesario.

Desde marzo de 2012, el CDE cuenta con sus estatutos modificados y aprobados por la Asamblea. Estos fueron inscriptos el 6 de marzo de 2013 en la la Dirección General de los Registros Públicos, Sección Personas Jurídicas y Asociaciones, del Poder Judicial.

Para su funcionamiento, el CDE cuenta con una dirección general y coordinaciones de las áreas de trabajo, electos/as por la Asamblea. Actualmente, Myrian González ocupa el cargo de Directora General, Quintín Riquelme el de Coordinador del Área Sociogremial y Clyde Soto el de Coordinadora del Área Mujer.